A helység eredetileg a zsombolyai uradalomhoz tartozó Buzitova nevű pusztán jött létre. 1798-ban telepítette Csekonics József tábornok, aki leginkább Szeged vidéki kertészeket hívott ide. A telep kezdetben csak kisszámú családból állott. Mivel Rácz-Czernyától egy órányira volt, felváltva Buzitovának vagy Magyar-Czernyának nevezték.
Csekonics József tábornok halála után, 1824-től Csekonics János lett a helység földesura, aki arra törekedett, hogy e pusztából rendes falut alakítson ki, s ezért 1828-ban Csősztelekről újabb magyar telepeseket hívott Buzitovára. Az új települőkkel az uradalom 1829-ben 30 évre új szerződést kötött, melynek értelmében a szerződő telepítvényesek minden hold föld után évenként 3 pengő forintot tartoznak fizetni.
1828-ban iskolaházat is építtetett a község, amely ideiglenes imaházul is szolgált. 1829-ben keletkezett a plebánia is. 1842-ben tette le Csekonics János az alapkövet a templomhoz, mely 1844-ben készült el. 1831-ben kolerajárvány lépett fel és az elhaltak száma 392 volt. 1849 január 21-én az egész lakosság a Maroson túlra menekült a közeledő szerviánusok elől. Az ellenség az egész helységet üresen találván, azt kirabolta és felgyújtotta, ekkor égett el a plebánia levéltára is. Az elmenekült magyar lakosság csak 1849 május 7-én tért vissza. 1849 július havában ismét a kolera pusztított a faluban 87 áldozatot követelve. 1863-ban nagy volt az inség a környéken, s amíg ez tartott, Csekonics János földesúr a szűkölködők között naponta 30 kenyeret osztatott szét s ezenkívül 5600 mérő búzát és 5000 forintot adott nekik kölcsönbe. 1869 és 1872 között nagy árvizek borították el a határt, úgy hogy a szomszédos községekkel csak csónakokon lehetett közlekedni, 1906-ban pedig nagy tűzvész pusztított a településen. Ebben az időben Gróf Csekonics Endre volt a helység legnagyobb birtokosa. A községben volt önkéntes tűzoltóegyesület, hitelszövetkezet és Megyeri András és társai gőzmalma. Ide tartozott Anda-puszta, Bozitó-puszta, János-major, Nagyrókus-puszta, Öregház-puszta, (azelőtt Sztárihodáj), Csonka-halom, József-major.
1910-ben 4138 lakosából 3849 magyar, 127 német, 107 szerb volt. Ebből 3960 római katolikus, 108 görögkeleti ortodox volt.
Magyarcsernye 1918-tól a Szerb-Horvát-Szlován királyság része volt, a II. világháború alatt pedig német közigazgatás alatt állt. A háború után a bevonuló partizán csapatok visszaemlékezések szerint 14 helyi lakost végeztek ki a szomszédos Vojvoda Stepa-n.
Mészáros Sándor erről így ír: “A behívott embereket elvitték Vojvoda Stepára, ott összeverték őket. Onnan gyalog elhajtották mintegy tizenkét kilométert Livadéra, mert a livadeiak telefonáltak értük, hogy nekik is van velük leszámolni valójuk. Livadén agyonverték őket. Akkor telefonáltak Csernyére, hogy innen menjenek kocsik a hullákért... A hullaszállítók elmondták, hogy a halottak a falu központjában hevertek, szét voltak verve. Nem egynek közülük felszakadt a mellkasa, szét volt ütve a koponyája. A kocsikon tizennégy hullát szállítottak el Magyarcsernyére, és eltemették őket a Nagygödör vagy másként a Sárgás partján.”
1991-ben Magyarcsernye 2353 lakosából 1998 magyar, 117 szerb, 101 cigány, 98 jugoszláv, 2002-ben pedig 1861 lakosából 1574 magyar, 112 szerb, 87 cigány, 35 jugoszláv volt.
